Doktora Adayı: Melike Çağlayan
EABD: Sağlık Bilişimi
Tarih: 28.07.2023 / 10:00
Yer: A-212

Özet: Proteinler birçok biyolojik süreçte merkezi bir rol oynar ve işlevleri, allosterik düzenleme dahil olmak üzere çeşitli mekanizmalar tarafından düzenlenir. Allostery, aktif bölge dışındaki bölgelere bağlanan moleküller veya iyonlar tarafından protein aktivitesinin düzenlenmesi anlamına gelir. Allosterinin önemine rağmen, allosterik düzenleme mekanizmalarını anlamak ve protein yapılarındaki allosterik yolları belirlemek, protein yapılarının karmaşıklığı ve çeşitliliği nedeniyle zorlu bir görev olmuştur. Bu araştırmada, allosterik protein bölgelerini incelemek için yeni bir yapıya dayalı ağ yaklaşımı önerdik. Her proteini ve protein kompleksi yapısını bir kalıntı-kalıntı etkileşim ağı olarak temsil ettik ve bu temsili iki uzak bölgeyi birbirine bağlayan allosterik yolları tanımlamak için kullandık. Ayrıca protein yapılarında allosterik bölgelerin varlığını ve yerini tahmin etmek için bir hesaplama yöntemi geliştirdik ve bu bölgelerin proteinin çekirdeğinden mi yoksa yüzeyinden mi kaynaklandığı açısından protein yapısı üzerindeki etkisini inceledik. Yöntemimizin etkinliğini doğrulamak için, allosterik olarak düzenlenen ve bilinen yapılara sahip 14 proteinlik bir veri kümesine uyguladık. Sonuçların doğruluğunu değerlendirmek için ise istatistiksel ölçümler kullandık. Sonuçlar, yöntemimizle elde edilen kalıntıların ve bunların allosterik yol üzerindeki etkisinin oldukça önemli olduğunu gösterdi. Gelecekte, allosterik bölgeler ile ilaç bağlama bölgeleri arasındaki potansiyel bağlantıyı ve ayrıca mutasyonların allosterik yollar üzerindeki etkisini ve bunların hastalığa neden olan mutasyonlar ve fosforilasyon bölgeleriyle örtüşmesini araştırmayı planlıyoruz.