Yüksek Lisans Adayı: Ahmet Samet Özdilek
EABD: Biyoenformatik
Tarih: 21.08.2023 / 11:00
Yer: A-212

Özet: Protein dizilerinin biyolojik veri tabanlarında artmasıyla birlikte, yüksek kapsamda doğru fonksiyonel açıklama sağlamak için hesaplama yöntemleri gereklidir. Bu amaçla birçok makine öğrenimi yöntemi önerilmiş olmasına rağmen, hala iki temel sorun bulunmaktadır: (i) güvenilir pozitif ve negatif eğitim ve doğrulama veri setlerinin oluşturulması ve (ii) önceden belirlenmiş deneysel ayarlar temelinde performanslarının adil bir şekilde değerlendirilmesi. Bu sorunları ele almak için, ProFAB: Açık Protein Fonksiyonel Açıklama Karşılaştırma Platformu'nu geliştirdik. ProFAB, filtrelenmiş ve önceden işlenmiş protein açıklama veri setleri sağlar ve Gene Ontoloji terimleri ve Enzim Komisyon numaralarına dayalı protein fonksiyonu tahmin yöntemlerinin eğitimini ve değerlendirmesini birkaç seçenek üzerinden mümkün kılar. ProFAB'ın, hazır veri setlerinin ve makine öğrenimi algoritmalarının kullanılmasını sağlayarak hem hesaplama hem de deneysel araştırmacılar için faydalı olacağını düşünüyoruz.