Sağlık Bilişimi EABD Biyoenformatik Yüksek Lisans Programı öğrencisi Tuğba Kaya, "GLİOBLASTOMADA HASTAYA ÖZGÜ MUTASYONLARIN YAPISAL HARİTALANMASI VE AĞ ANALİZİ" konulu tezini, 27 Ağustos 2018 tarihinde saat 14:00'da A-212 no.lu toplantı salonunda savunacaktır.

Tez Özeti :Kanser dünya çapında en yaygın ölüm nedenlerinden biridir. Bu nedenle, farklı tipteki tümörlerin mutasyon profillerinin çıkarılmasına çokça çaba harcanmıştır; örneğin, Kanser Genom Atlas (TCGA) 11000den fazla tümör örneği için omik veri biriktiren platformlardan biridir. Bu tezde, TCGAden Glioblastoma için hastaya özgü mutasyon verilerini alan, Protein Databank (PDB)den elde edilen protein yapıları üzerine haritalayan, yerini ve fonksiyonel etkisini tespit eden ve protein interaktomu ile entegre ederek fonksiyonel ağları yeniden yapılandıran bir veri işleme hattı sunmaktayız. Bu tez sonucunda, bazı mutasyonların, proteinin bilinen dizisi yerine alternatif izoform dizisine spesifik olduğunu bulduk. Aynı zamanda, etkileşim yüzeyindeki mutasyonların fonksiyonel etkisinin iç bölgesindeki etkilere benzer olduğunu ve yüzey bölgesi ile karşılaştırıldığında daha çok zarar verdiğini gösterdik. Protein iç kısmındaki en yaygın değişimin, hidrofobik amino asitlerin başka bir hidrofobik amino aside değişiminin olduğunu gösterdik. Bununla birlikte, yüzey veya etkileşim yüzeyinde, mutasyonların kimyasal sınıflarını analiz ettiğimizde yüklü bir amino asit başka bir yüklü ya da polar amino aside dönüşmüştür. TCGAdeki hastaların bu mutasyon profillerinden, prize collecting Steiner forest (PCSF) problemini çözen ve verilen bir protein kümesini bir ağ bağlamında en iyi şekilde birleştiren Omics Integrator ile GBMda hastaya özgü 290 tane ağı yeniden oluşturduk. Bu hastalar arasında en yaygın protein düğümleri ve ayrıtlarını birleştirdik ve bu birleştirilmiş ağı işlevsel topluluklar halinde kümeledik. Ontoloji ve yolak analizleri Wnt sinyal ERBB sinyal ve NfKb / Ikb sinyal yolaklarının en yaygın zenginleştirilmiş yolaklar olduğunu göstermiştir. Mutasyondan protein yapılarına ve fonksiyonel ağlara kadar, bu tez çalışmasının sonucunun kanser araştırmalarına önemli katkı sağlayacağına inanıyoruz.